正在放暑假的Ｅ班突然遭遇病毒式恐怖攻擊！沒被感染的學生，為了奪回治療藥物，潛入了犯人所在的飯店裡。他們的暗殺技術是否真的對正牌殺手管用？

炸掉月球、又公開宣布即將於明年炸掉地球的神祕超破壞生物，突然表示要來日本的私立學校‧椚丘中學擔任放牛班３年Ｅ班的導師！為了化解地球的危機，日本政府決定訓練這個班級的學生來完成「殺死老師」這個重大的使命，同時祭出一百億圓的高額獎金提升大家的動機！一場老師＝暗殺目標、學生＝暗殺者的超現實日常喜劇即將開始──！

炸掉月球、又公開宣布即將於明年炸掉地球的神祕超破壞生物，突然表示要來日本的私立學校‧椚丘中學擔任放牛班３年Ｅ班的導師！為了化解地球的危機，日本政府決定訓練這個班級的學生來完成「殺死老師」這個重大的使命，同時祭出一百億圓的高額獎金提升大家的動機！一場老師＝暗殺目標、學生＝暗殺者的超現實日常喜劇即將開始──！

殺老師最終暗殺計畫啟動！ 這次計畫是跨越國家的分界，秘密推動的。 在這急遽轉變的情境之中，Ｅ班的學生們會做出什麼樣的選擇？

成功暗殺殺老師之後，下一步又應該怎麼走？Ｅ班面臨出路會談。渚卻為自己的才能感到相當迷惘，在他回家後，等待著他的將是……？

就在殺老師的暗殺即將大成的階段，Ｅ班內部卻出現分裂！個性截然不同，卻意外地合拍的渚與業之間，也開始出現危險的氣氛……？

治療藥就在眼前被鷹岡破壞了，這讓渚真正動怒。然而，正面使用暗殺技術根本打不贏鷹岡，渚陷入一面倒的劣勢。他能不能用羅夫洛親傳的必殺技起死回生──？

Ｅ班學生領到的新體育服，是號稱擁有世界最佳性能的產物。學生們的暗殺領域瞬間拓展開來，但卻有黑影悄悄逼近……殺手「死神」來襲！

學生們終於與殺老師感人肺腑地重逢了。然而自劇烈憎惡而生的２個怪物卻緊追而來。最後一戰的結果將會如何？學生們又會做出什麼決定──